このプログラムは、総合的な臨床能力を有する医師の育成を目指すもので、厚生労働省による初期臨床研修到達目標を目的とし、救急・プライマリーから高齢者の介護まで幅広く研修できるローテート方式による２年間の初期臨床研修プログラムである。

１年次は、救急部門（３ヶ月）、内科（６ヶ月）、外科（３ヶ月）の各科をローテーションするものとする。２年次においては、精神科（１ヶ月）、小児科（２ヶ月）、産婦人科（２ヶ月）、選択科として各科（循環器科、整形外科）の５ヶ月間のローテート研修も選択できる。又、2ヶ月間の僻地・離島研修を実施する。 　希望者は３年次以降の後期研修プログラムに引き続き参加でき、診療科に所属し各学会認定医、専門医の資格を取得する為の研修をすることができる。

３年次以降は、各科より毎年定められる定員の範囲内においてスタッフとして継続採用され、後期専門研修（ストレート）へ進むことができる。ただし、定員を越える希望科については、初期研修においての研修成績を参考とし、採用者を選考するものとする。